Entre los proyectos de investigación nacionales en los que participa la Fundación se encuentran los siguientes:

• Cambios faunísticos, variaciones paleoclimáticas y eventos geodinámicos registrados en las cuencas continentales del centro de la Península Ibérica durante el Vallesiense (11,1-8,7 Ma). DGESIC (PB98-0691-C03-01), Ministerio de Educación y Ciencia. 1999 a 2002
• Reconstructing the carnivore's fossil site of Cerro de los Batallones. National Geographic, 6964-01. 2001
• Procesos tafonómicos y su repercusión en las interpretaciones paleoecológicas y paleoambientales. DGESIC (BTE2000-1309), Ministerio de Educación y Ciencia. 2000 a 2003
• El sistema de yacimientos de vertebrados del Mioceno superior continental del Cerro de los Batallones, Madrid, España. DGI BTE2002-00410, Ministerio de Educación y Ciencia. 2002 a 2005
• Procesos tafonómicos: repercusión en interpretaciones paleoecológicas, paleoambientales y biomoleculares. DGI-MCYT BTE2003-01552. 2003 a 2006
• Vertebrados del Cretácico Inferior de la Península Ibérica: relaciones paleobiogeográficas de los dinosaurios de Gondwana y Laurasia. Ministerio de Ciencia y Tecnología.
• Revisión y estudio paleontológico del dinosaurio saurópodo Losillasaurus giganteus. Ref. 02001/2005/320 Patrimonio Histórico y Cultural Ajuntament de Valencia. FCPT-D. 2005
• Excavación del yacimiento de Venta del Moro (Valencia). Generalitat Valenciana. 2006

• Entre ellos cabe destacar el apoyo a la línea de investigación en homínidos desarrollada por el Institut Paleontològic "Dr. M. Crusafont" de Sabadell que se ha plasmado en el establecimiento de un nuevo género, Pierolapithecus, en la revista Science.