En la Sala del Mundo Acuático se realiza un recorrido por la fauna que habitaba los medios sumergidos. Desde los misteriosos océanos del Paleozoico plagados de trilobites y braquiópodos, pasando por los mares someros del Mesozoico ricos en ammonites, corales y enormes reptiles marinos o tiburones, hasta los lagos y zonas pantanosas interiores que ocupaban la Península Ibérica durante el Neógeno.